El pterostilbeno pertenece a los estilbenoides, una pequeña clase de polifenoles vegetales caracterizados por un esqueleto químico particular de dos anillos unidos por un puente corto. Los polifenoles se encuentran entre las familias de compuestos vegetales más estudiadas, y los estilbenoides son una rama distintiva dentro de ellos. Colocar el pterostilbeno en esta clase es el primer paso para comprenderlo: se define, en el nivel más básico, por la arquitectura que comparte con sus parientes.

El compuesto se encuentra en el mundo vivo en varias plantas: los arándanos y las uvas son las fuentes más conocidas, y también está presente en el duramen de ciertos árboles. Su presencia en frutas cotidianas es parte de por qué genera interés como polifenol dietético: no es una sustancia exótica, sino una ya presente, en pequeñas cantidades, en los alimentos que la gente consume. De dónde viene una molécula es parte de su historia, y los orígenes del pterostilbeno se encuentran firmemente en el mundo vegetal.

Estructuralmente, el pterostilbeno es resveratrol con dos de sus grupos hidroxilo reemplazados por grupos metoxi. Las dos moléculas comparten el mismo núcleo y solo difieren en ese detalle. Esto convierte al pterostilbeno en un pariente estructural cercano del resveratrol en lugar de un compuesto no relacionado — una distinción que vale la pena establecer claramente, porque es el único hecho que ubica más claramente al pterostilbeno en el mapa de los polifenoles.